עיקרי פעילותינו בימים אלו:

1.      "מפגשים" – תוכנית חינוכית המפגישה בני נוער (כיתות י"א – י"ב) במסגרת סמינר דו יומי בגבעת חביבה. הקבוצות המשותפות מונחות ע"י מנחה יהודי וערבי, במטרה ליצור הכרות, שבירת סטריאוטיפים ודיאלוג. בנוסף לסמינר המרוכז, מתקיימת פעילות עומק בקרב הסגלים החינוכיים בבתי הספר ופעילות המשך לתלמידים. תוכנית "מפגשים" תכלול בשנת תשס"ז כ 4000 תלמידים, הרחבתה היא פונקציה של מימון.

2.      "שלוחת סכנין" – למרכז היהודי ערבי שלוחה צפונית וותיקה, בעיר סכנין בגליל. השלוחה מקיימת השתלמויות מורים בנושאי דמוקרטיה, שוויון ערך, פלורליזם ואזרחות פעילה. כל ההשתלמויות מוכרות לגמול ע"י מש. החינוך.

3.      תוכנית "י.מ.י" (ילדים מלמדים ילדים) – תוכנית חינוכית יוצאת דופן, המקיימת פעילות עומק רב שנתית בכיתות ח' ט', בבתי ספר יהודים וערבים. התוכנית מתמקדת בקבלת השונה, בשוויון ערך, בהכרות ובידידות. במהלך 20 השנים האחרונות עברו כ 30,000 תלמידים ומורים בישראל את תוכנית י.מ.י.

4.      Crossing Borders – תוכנית המפגישה בני נוער יהודים וערבים מישראל, ירדן והרש"פ, במגוון מתכונות (בעיקר סדנאות מרוכזות בחו"ל) – כאשר הנערים מרוכזים סביב משימת הוצאת עיתון משותף, בנושאי דו קיום, חברה ואקטואליה. עיתון Crossing Borders יוצא מדי חודשיים במהלך 8 השנים האחרונות, ביוזמת המרכז היהודי ערבי ועמותת Crossing Borders מדנמרק.

5.      פעילות העצמה במגזר הערבי – אנו מקיימים מגוון רחב של פעילויות להעצמת האוכלוסיה הערבית בישראל, בדגש על בניית מנהיגות צעירה. בשנה האחרונה בוצעה תוכנית "מועצות תלמידים" – אשר כללה קבוצות מנהיגות ב 16 בתי ספר שונים. בנוסף כ 10 קורסים שונים למורים, עובדי רשויות מקומיות ועוד.

6.      לימודי ערבית ומזרחנות – המרכז היהודי ערבי הינו מבתי הספר המובילים בארץ בהוראת השפה והתרבות הערבית. במסגרת זו מתקיימים קורסים שנתיים לערבית מדוברת/ ספרותית, לציבור המורים בעיקר. בנוסף – ימי העשרה ולימוד לבתי ספר, בהם לוקחים חלק למעלה מ 10,000 תלמידים בשנה.

7.      המכון לחקר השלום – מקיים פעילות מחקר וכתיבה ספרותית ענפה. בעשור האחרון נכתבו עשרות ספרים ופרסומים מחקריים, בתחומי יחסי יהודים ערבים, נושאי חברה, תרבות, ממשל, חוקה וכלכלה.

8.      ספריית השלום - ספריית השלום הינה ספריית העיון הגדולה ביותר, באזור שבין חיפה לתל אביב. בספריה כ 70,000 כותרים, מאות כתבי עט ואוספים ייחודיים ונדירים. האוסף ע"ש סולי מרכוס, כולל את המגוון הרחב ביותר הקיים בארץ בנושאי ערבים אזרחי ישראל, הסכסוך היהודי-ערבי, הפלשתינאים, ספרות ולשון ערבית, הוראת ערבית, והמזרח התיכון בכלל. האוסף כולל ארכיון מרכזי לעיתונות הפלשתינאית בא"י ובמדינת ישראל  מ- 1920 ועד ימינו.